อิงฟังตาลียูโนร์แห่งโปรตุเกสเสด็จพระราชสมภพเมื่อวันที่ 18 กันยายน ค.ศ. 1434 ในโตรึชแวดรัช โดยเป็นหนึ่งในพระโอรสธิดาเก้าคนของพระเจ้าดูวาร์ตึที่ 1 แห่งโปรตุเกสกับพระราชินีเลโอนอร์แห่งอารากอน เป็นพระธิดาคนที่สามแต่เนื่องจากพระเชษฐภคินีสองคนแรกสิ้นพระชนม์ไปตั้งแต่ยังเล็ก ลียูโนร์จึงเป็นพระธิดาที่มีชีวิตรอดคนโต ทรงอยู่ในราชสำนักโปรตุเกสในยุคที่กำลังเฟื่องฟู พระเจ้าดูวาร์ตึนั้นเป็นหลานชายของจอห์นแห่งกอนต์จึงมีสายสัมพันธ์ใกล้ชิดกับขุนนางอังกฤษ พระองค์ได้รับแต่งตั้งเป็นอัศวินการ์เตอร์ พระอนุชาของพระองค์คือเอ็งรีกึราชนาวิก นักสำรวจผู้มีชื่อเสียงโด่งดังในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 15 ที่โปรตุเกสขึ้นมาอยู่ในชั้นแนวหน้าจากการออกสำรวจทางทะเล พระเจ้าดูวาร์ตึยังเป็นนักประพันธ์ผู้เขียนตำราพิชัยสงครามเรื่องทักษะการขี่ม้าและการประลองทวน

พระบิดาของลียูโนร์สิ้นพระชนม์ตอนพระองค์มีพระชนมายุเพียงสามพรรษา ก่อนหน้าวันครบรอบวันเสด็จพระราชสมภพปีที่สี่เพียงห้าวัน อาฟงซู พระอนุชาของพระองค์ขึ้นเป็นกษัตริย์คนใหม่โดยมีพระมารดาเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน ทว่าเลโอนอร์แห่งอารากอนไม่เป็นที่นิยมของขุนนางโปรตุเกส ในปี ค.ศ. 1440 พระนางถูกบีบให้ออกจากประเทศไปอยู่ที่กัสติยาหลังพ่ายแพ้ในศึกแย่งชิงตำแหน่งผู้สำเร็จราชการแผ่นดินกับอิงฟังตึเปดรู ดยุคแห่งกูอิงบรา โดยพระนางได้ทิ้งพระธิดาคนโตไว้เนื่องจากพระธิดาประชวรอยู่ในตอนนั้น